Dalam perjalanan sejarahnya Republik Maluku Selatan telah beberapa kali melakukan tindakan-tindakan yang menentang negara atau pemerintah yang sah atau berusaha memisahkan diri dari Negara Kesatuan Republik Indonesia. Aktifitas RMS yang diwarnai dengan pengibaran bendera-bendera Benang Raja menyebabkan keresahan bagi masyarakat Maluku.Ual ini sangat terasa setelah tahun 1999 yang lalu, dimana telah terjadi konflik berdarah yang berkepanjangan.

Penulis melakukan penelitian ini dengan tujuan untuk meneliti tentang sejauh mana penanganan kasus makar yang telah dilaksanakan oleh Polsek Teluk Ambon Baguala, sehingga pada akhirnya akan berguna bagi Polri pada umumnya dan Polda Maluku pada khususnya,dalam rangka menangani dan mengartisipasi pergerakan RMS sehingga tidak sampai berkembang menjadi gerakan separatis yang solid dan kuat.

Di dalam penulisan skripsi ini,penulis menggunakan pendekatan kualitaiif yang bersifat memberikan penjelasan tentang suatu keadaan di lapangan secara naratif sehingga mudah untuk dipahami. Sedangkan metode yang digunakan adalah dengan menggunakan metode studi kasus. Metode ini dipilih agar dalam pemahaman terhadap isi skripsi ini oleh para pembaca menjadi lebih mudah, yaitu dengan menganalisa dan menguraikan kasus makar yang pernah ditangani oleh Polsek Teluk Ambon Baguala.

Penelitian dilaksanakan di Kota Ambon mulai dari tanggal 2 Oktober sampai dengan 14 Oktober 2007. Sebagai responden adalah para pejabat Polres P.Ambon & P.P Lease dan masyarakat Kecamatan Teluk Ambon Baguala. Dari hasil penelitian didapatkan beberapa keterangan wawancara dan beberapa dokumen yang menjelaskan tentang kasus-kasus RMS yang pernah terjadi di wilayah ini serta penanganannya oleh pihak Polri dan juga didapatkan beberapa tanggapan masyarakat terhadap eksistensi organisasi terlarang ini.

Selanjutnya dengan menganalisa menggunakan Teori Manajemen Kepolisian dan Teori Penjeraan terhadap hasil temuan penelitian di lapangan,maka penulis memberikan beberapa rekomendasi yang sekiranya dapat bermanfaat bagi Polri, dimana salah satunya diharapkan agar penanganan kasus makar untuk selanjutnya, agar dilaksanakan oleh Polsek, supaya organisasi terlarang ini tidak berkembang menjadi organisasi yang kuat dan solid.